במסגרת לימודי מחשבת ישראל התלמידים לומדים לרמה של 5 יח"ל (שלוש פנימיות ושתיים חיצוניות). לימודי מחשבת ישראל הינה פתיחת המחשבה והזהות לכיוונים ודגשים שונים על-פי הדפוסים שנוצרו בזרמי המחשבה השונים לאורך הדורות: מי בדגש על היצירה הפרשנית והדרשנית המתחדשת, מי בדגש על עיון פילוסופי או התבוננות מיסטית ומי בדגש על ספרות העיון והמחקר החדשה. 

תכנית הלימודים במחשבת ישראל חושפת את היצירה היהודית-ישראלית התרבותית של "ארון הספרים היהודי" לדורותיו. היא מאפשרת ללומדים דיאלוג עם נכסי תרבותם, דיון בסוגיות רלוונטיות ומשמעותיות ודרכי לימוד מגוונות .