במסגרת היותו בית ספר משלב, פועל בבית הספר בית המדרש :
מטרתו
להיות מקום לשיח בנושאים מעולם היהדות ולעשותו משמעותי ורלוונטי לעולמם של התלמידים.
תלמיד המסיים בית ספר יצא עם עולם עשיר של מושגים וערכים מהעולם היהודי.
בית המדרש יאפשר העמקה עבור המעוניינים.
בית המדרש יהיה מקום לשיח זהויות בו עולים קולות מגוונים.
פרשת שבוע:
בכל שבוע קבוצת תלמידים לומדת בהנחיה את הפרשה ומעבירה בקהילתה את תכני הפרשה בקהילתה.
תפילה:
בבית המדרש מתקיימת באופן קבוע תפילת שחרית במניין (אורתודכסי), קריאה בתורה, חגיגות בר מצוה וכו'…
בראשי חודשים חוגגים במסגרת בית ספרית באמירת הלל משותפת ולימוד בחברותות.
קבוצות מצויינות:
929- תכנית מצוינות המיועדת לתלמידים מצטיינים ולאהבי תנ"ך המעוניינים לרכוש אוריינות מתקדמת בתנ"ך.
התוכנית מתבססת על בקיאות בנביאים ראשונים (ספרי יהושע עד מלכים) ועם זאת העמקה וחקר אישי בפרקים נבחרים. הלימוד ישלב למידה עצמית בהכוונה ושיעורי העמקה.
חוגמרא- לימוד גמרא 'על הסדר', במטרה לסיים מסכת תענית בסוף השנה.
הלכה- משנה תורה לרמב"ם – רכישת יסודות בכל חלקי התושבע"פ עד לרמת ההלכה המעשית.
חברותא:
פעם בחודש ישבו תלמידי תיכון עם תלמידי החטיבה ללימוד בצוותא בהכוונת בית המדרש.
לכל שכבה במהלך השנה יערך ערב לימוד הורים ותלמידים.
מסעות:
במהלך שנות הלימודים בחטיבת הביניים יצאו התלמידים לשלושה "מסעות"
קהילת ז'- מסע אל עצמי
קהילת ח'- מסע אל ארצי
קהילת ט'- מסע אל עמי
את שיעורי המסע מלווים מורים מארבעה תחומי ידע שונים: אמנות, מדעים, ספרות וכמובן יהדות. במהלך השנה יצאו התלמידים לסיורים ויערכו ערבי שיא. המסעות ילוו ע"י בית המדרש, בלימוד וחוויה.